Ihr heutiges Aussehen im Inneren verdankt die St. Pankratiuskirche der größten Renovation im Jahre 1957/58. Damals wurde soweit wie möglich der alte barocke Zustand wieder hergestellt. Zugleich wurde die etwas kleine Sakristei auf die heutige Größe angebaut.
Anstelle der neuromanischen Kastenaltäre von 1880 / 1881, die vermutlich aus der Hechinger Bildhauerwerkstatt Schäfer kamen, wurde ein wertvoller, alter Hochaltar aufgestellt. Durch Vermittlung des Sigmaringer Kirchenrestaurators Josef Lorch konnte vom kath. Stadtpfarramt Mühlheim an der Donau, bei Tuttlingen, der barocke Hochaltar der 1813 abgebrochenen Wallfahrtskirche "Maria Hilf" vom Welschenberg günstig erworben werden. Er stand einige Zeit inder Mühlheimer St. Maria Magdalena Stadtpfarrkirche und wurde 1956 dort herausgenommen.
Im Jahre 1756 fertigte der Riedlinger Bildhauer Johann Christian Wegscheider für die damals neue, vergrößerte Barockkirche diesen majestätischen marmorierten Altar. Über dem Altarblatt das Dreieck, das die Hl. Dreifaltigkeit symbolisiert.Der Preis für die vier großen Holzmarmorsäulen samt der Altarverkleidung und zwei Engelfiguren lag bei 3 000,00 DM. Das Lamm Gottes auf dem Tabernakel schuf der Bildhauer Volk aus Inneringen (In der Osterzeit wird es ersetzt durch dieFigur des auferstandenen Christus).
Weitere Ergänzungen besorgte die Firma Bahnmüller aus Saulgau. Den Panzertabernakel lieferte die Firma Mauch aus Rottenburg . Die wohl ältesten gotischen Figuren der Kirche, die Hl. Apostel Andreas und Matthias aus der Zeit um 1480, fanden seitlich außen neue Aufstellung. Bereits 80 Jahre lang lagen sie auf der Bühne.
Zwischen den Säulen fand das alte Hochaltarbild (um 1700; im Orginalrahmen mit vergoldeter Aktanthusschnitzerei) einen neuen Platz. In der Größe von 2,10 m Höhe und 1,30 m Breite zeigt es die Kreuzigung Christi und ist oben abgerundet. Entstanden ist es um 1700 und zeigt Christus und die beiden Schächer am Kreuz. Unter dem guten Schächer: ein berittener Krieger mit der Lanze, der Jesus in die Seite sticht. Am Kreuzesstamm: Maria Magdalena. Unter dem bösen Schächer, hinter dem der Teufel erscheint: eine Gruppe mit dem Hl. Johannes und der Mutter Gottes. Im Hintergrund vor dunklem Horizont und Gebirgslandschaft: zwei Berittene. Unten am Rahmen die Inschrift: "Es ist vollbracht".
In der Mauernische links des Hochaltars die Figur des Hl. Georg (0,78 m hoch, um 1470/80). Der stehende Heilige in voller Rüstung stößt dem zwischen seinen Füßen am Boden liegenden Drachen die senkrecht gehaltene Lanze in den Rachen.
In der rechten Nische, eine Figur des H. Sebastian, ist abhanden gekommen. Sie wurde durch ein Kreuz ersetzt. Die Chordecke ziert ein vergoldetes Stuckkreuz, daneben das Christuszeichen JHS.
An der rechten Chorwand war früher das noch erhaltene Bild des Kirchenpatrons, des Hl. Pankratius (um 1700, 1,23 m hoch, 0,74 m breit). Der Heilige in ganzer Figur in einer Landschaft, in Rüstung, mit Schwert und Palme. Ob es vielleicht ein Werk des Trochtelfinger Malers Johann Schlander ist, der um 1698 in Inneringen wohnte und ab 1706 in Trochtelfingen ansässig war und dort 1737 gestorben ist .
Auf den neu verkleideten Seitenaltärenwurde die Muttergottes-
und die Josefsfigur wieder aufgestellt.
Anstelle des alten Deckengemäldes im Schiff aus dem vorigen Jahrhundert, das die Himmelfahrt Mariens darstellte, wurden 1957 durch die Firmen Lorch aus Sigmaringen und Lorch aus Füssen in Gemeinschaftsarbeit die neuen Deckenbilder gemalt. Es sind Kopien nach den Originalen in der St. Stefanskirche in Melchingen. Dort hat sie der Hechinger Maler Franz Dent (1723-91) im Jahre 1769 geschaffen. Vorne das Hl. Abendmahl. Auf einer steinernen Rampe, zu der Stufen hinaufführen, vor einer architektonischen Flachnische: Christus mit seinen Jüngern um den Tisch versammelt.
Auf der Orgelempore stand bis 1997 eine bereits im Jahre 1832 gebraucht angeschaffte Orgel. Sie umfasste damals 6 Register und wurde vom Trochtelfinger Orgelbauer Valentin Baitner um 150 Gulden gekauft. Das Baujahr war nicht bekannt da er die "gut conservierte alte Orgel" selber nicht hergestellt hatte. 121 Gulden kamen aus Spenden zusammen, den Rest zahlte die Gemeinde. Da es sich bei diesem Instrument um die erste Orgel in der Steinhilber Kirche handelte, war man sich zuerst nicht ganz einig, ob die Orgel im Chor, oder auf der Empore aufgestellt werden sollte. Die Freiburger Kirchenbehörde bestimmte, dass nicht der Chor, sondern die Empore der Platz für die Orgel sein sollte. Am 14.05.1832 kam Pfarrer Müller aus Feldhausen, der als guter Musiker und Orgelspieler galt, und prüfte die Orgel mit dem Ergebnis: "Das Werk ist von sehr guter Qualität."
Den schwärzesten Tag in ihrer langen Geschichte hatte die Orgel am 15. Juni 1917 wo auf Befehl des Kriegsamtes die zinnernen Pfeifen ausgebaut und abgeliefert werden mussten. Das Gewicht der 39 Pfeifen betrug insgesamt 21,5 kg. Dafür wurden 170 Mark Entschädigung bezahlt
Im April 1919 ersetze die Orgelbaufirma Stehle aus Bittelbronn die herausgenommenen Pfeifen durch andere. Seit Juli 1940 löste ein Gebläsemotor den bisherigen Orgeltr
Anfang des Jahres 2000 bestellte die Pfarrgemeinde bei der Firma Peter Plum in Marbach am Neckar die neue Orgel mit 20 Registern und insgesamt 1366 Pfeifen für 430 000 DM nach der Disposition und technischen Beschreibung durch den bischöflichen Orgelsachverständigen der Diözese Rottenburg / Stuttgart Herrn Prof. i.K. Wolfram Rehfeldt und nach dem Entwurf des Orgelbaumeisters Peter Plum. Die Orgelanlage hat einen freistehenden Spieltisch an der Brüstung. Das Hauptwerk und Schwellwerk sind in der Emporemitte hintereinander liegend angeordnet. Das Pedalwerk, in C und Cs Seiten geteilt, ist in der Brüstung eingebaut und verleiht der Orgel auf der Empore im hinteren Teil des Kirchenschiffes eine markante, optische Dominanz.
